Il existe, en plus des combats standards, 3 modes de combat dans Pokémon : les combats Duos, les combats Triples et les combats Rotatifs.
Combat Duo
Durant les combats Duo, chaque camp utilise jusqu'à 2 pokémons simultanément. Les 2 camps peuvent d'ailleurs comporter jusqu'à 2 dresseurs, mais le total de 6 pokémons par équipe est maintenu. Notez bien que ces règles ne soient valables que pour le PvP, il existe une multitude de cas particuliers en jeu.
Le système de jeu global est très similaire aux combats normaux. Le choix des actions se fait en même temps pour tous les pokémons en jeu. Le fonctionnement de certaines attaques et capacités peut cependant changer en combat Duo. Certaines attaques restent mono-cibles, c'est alors au joueur attaquant de choisir la cible, d'autres attaques ne toucheront que les Pokémons adverses comme Éboulement et d'autres encore toucheront tous les Pokémon en jeu à l'exception du lanceur, comme Surf.
Ce mode de combat reste très instinctif lorsqu'on a déjà fait un combat normal. Vous ne serez pas perdus même si vous débutez dans Pokémon.
Combat Triple
Ajoutons un Pokémon de plus. Les règles du combat triple sont les mêmes que pour les combats Duo, bien que des équipes entre joueurs ne soient pas possible.
La particularité de ce mode de jeu est qu'un pokémon à l'extrémité de l'une des équipes ne pourra pas toucher les pokémons de l'autre extrémité, et ce des 2 côtés du terrain. Par exemple, l'attaque Surf, ne touchera que les pokémons adjacents au lanceur. Notez que ceci n'est valable que pour les attaques touchant les pokémon, pas pour les attaques touchant le terrain comme Zénith.
Combat Rotatif
Ce mode de combat est un peu plus fou. Durant un combat rotatif, 3 pokémons sont envoyés en même temps sur le terrain, mais un seul pokémon reste actif à la fois. Les attaques ne pourront toucher que les pokémons actif, et à chaque début de tour, les 2 joueurs peuvent choisir qui sera son Pokémon actif le reste de ce tour. De quoi donner le tournis aux plus aguerris...
