Assassin's Creed Odyssey peut être divisé en trois grandes histoires étroitement liées. Il faudra avoir suffisamment progressé pour les débloquer ou les faire avancer. Votre aventure sera vraiment terminée lorsque les trois auront été menées à terme. Cependant, il est possible d'accomplir l'étape finale de ces histoires dans n'importe quel ordre.
L'histoire de votre lignée
La ligne directrice est liée au drame de votre famille ainsi qu'à la guerre entre Athènes et Sparte. C'est en ce domaine qu'il y a le plus d'issues possibles. En fonction de vos actes, votre famille sera réunie avec un nombre plus ou moins grand de personnes. Plus il y a de membres dans votre famille, plus cette fin est considérée comme heureuse (un peu l'inverse de la vie réelle). C'est sur cette odyssée que ce guide va se concentrer, c'est la seule qui implique des choix ayant des conséquences à très long terme ainsi que des fins différentes.
Le culte de Kosmos
Cette histoire démarre lors du chapitre 3 avec la Pythie et la découverte de l'existence de ce culte qui a manigancé contre votre famille et manipule votre frère/soeur. Votre objectif est de tuer TOUS les membres du culte excepté Deimos/Nemesis (qui est géré avec l'étape finale de l'histoire de votre lignée). En cherchant des indices et en éliminant des membres du culte, vous allez atteindre ses dirigeants et découvrir qui est à sa tête. Signalons que certains membres du culte ne peuvent pas être découverts avant d'avoir suffisamment progressé dans l'histoire de votre lignée. Il vous sera offert un choix final, mais il n'a pas d'influence sur les autres histoires principales.
Atlantide et la première civilisation
Cette dernière ligne scénaristique n'apparaît qu'au chapitre 7 lorsque vous avez retrouvé votre mère et que vous l'avez aidée à régler ses problèmes immédiats. Elle va vous demander d'explorer les anciennes ruines d'Atlantide, de rencontrer votre père réel puis de rassembler 4 artefacts en affrontant 4 créatures mythologiques. Il faudra souvent accomplir de nombreuses quêtes secondaires pour les débloquer. Cette histoire a des liens avec l'Animus et la métahistoire des Assassin's Creed. Terminer cette odyssée n'a pas d'influence sur les autres histoires principales, elle peut être accomplie après. Il peut y avoir de légères variations dans son accomplissement, mais le résultat final ne change pas significativement.
