Bien que l'Overmind ait été tué, la grande bataille d'Aïur a laissé la planète dévastée. Les Zergs, même sans leur Maître-Esprit, continuent de ravager les provinces d'Aïur. Le Conclave a également été détruit et les héros Zeratul, Fenix, Aldaris, Raynor et le récemment nommé Prêteur Artanis doivent évacuer le peuple Protoss vers une destination sûre. C'est Shakuras, la planète secrète des Templiers Noirs, qui est choisie. Les survivants d'Aïur franchissent une Porte Spatiale et commencent à établir une base qu'ils baptisent New Antioch. Mais dans la confusion de l'exode, certaines légions Zergs passent elles aussi la Porte. Fenix et Raynor décident donc de rester sur Aïur pour la condamner à tout jamais et ainsi endiguer l'invasion.
New Antioch sur Shakuras, terre d'asile du peuple Protoss
Peu après leur arrivée sur Shakuras, Artanis et Aldaris font la connaissance de Raszagal, Matriarche des Templiers Noirs, empreinte de sagesse et de sérénité. Elle leur apprend que sur cette planète se trouve un Temple Xel'Naga dégageant de puissantes énergies cosmiques. Raszagal veut utiliser ces énergies pour vaincre les factions Zergs ayant envahi Shakuras par la Porte.
Malheureusement, les énergies ne peuvent être canalisées qu'en utilisant les Cristaux jumeaux, Uraj et Khalis. Le premier renferme l'énergie pure des Templiers tandis que le second est baigné de l'énergie des Templiers Noirs. Les Cristaux ont été séparés bien des générations plus tôt et il faut les retrouver. Une fois réunis, Uraj et Khalis, la lumière et les ténèbres, permettront de détruire les Zergs qui menacent Shakuras.
Le Temple Xel'Naga rayonne de puissantes énergies
Toutefois, avant de se lancer à la recherche des Cristaux, Zeratul et Artanis doivent tuer les deux Cerebrates qui se sont déjà implantés près du Temple. À la stupéfaction générale, Kerrigan débarque sur Shakuras juste après la mort des Cerebrates. Expliquant que ceux-ci étaient également ses ennemis, elle demande l'hospitalité de Raszagal afin de lui fournir des informations capitales. Malgré les réticences de Zeratul et Aldaris, Raszagal accepte la proposition.
Kerrigan leur révèle qu'un nouvel Overmind est en train de se développer sur Char. Issu de la fusion entre plusieurs Cerebrates dont le plus puissant Daggoth, ennemi juré de Kerrigan, le nouvel Overmind n'en est qu'aux premiers stades de son développement. Un accord est trouvé : Kerrigan aidera les Protoss à trouver Uraj et Khalis, en échange de quoi Raszagal aidera Kerrigan à tuer les Zergs Renégats.
Un nouvel Overmind tente de se développer
Kerrigan trouve le Cristal Uraj sur la planète Terrane Braxis, mais à peine de retour en orbite, le vaisseau Protoss reçoit la transmission d'un bâtiment Terran de signature inhabituelle. L'amiral Alexei Stukov leur signifie que le Directoire de la Fédération Terrienne l'a envoyé avec une importante flotte pour prendre le contrôle de l'Empire Terran et toutes les planètes du Secteur de Koprulu. Artanis en éclaireur, l'armée Protoss parvient aisément à forcer le blocus des vaisseaux Terrans et placer l'Uraj en lieu sûr. Il semble que pour l'heure, le Directoire ait autre chose à faire que de les poursuivre.
Zeratul en est certain : le Khalis se trouve sur Char, il en a ressenti l'énergie lors de sa dernière visite sur la planète volcanique. Mais le nouvel Overmind l'a lui aussi senti et a décidé de se développer tout à côté. En unissant leur force encore une fois, Kerrigan, Zeratul et Artanis se rendent sur Char, parviennent à endommager le nouvel Overmind grâce au pouvoir des Templiers Noirs et trouvent le Cristal Khalis. Affaibli par l'attaque, l'Overmind ne peut empêcher les Protoss et Kerrigan de quitter Char en possession du Khalis.
La menace Zerg plane toujours sur Shakuras
Leur retour victorieux sur Shakuras est terni par l'accablante trahison d'Aldaris. Avec une poignée de Templiers fidèles au Conclave qui fut détruit, Aldaris est revenu à ses vieilles intolérances, ne supportant pas que Raszagal se soit alliée à Kerrigan. Il menace à présent de détruire la citadelle de la Matriarche. Lors de leur confrontation, Aldaris tente de justifier ses actes à Zeratul et Artanis en expliquant que la Matriarche est manipulée. Mais au moment d'en dévoiler plus, Kerrigan surgit et tue le Judicateur. Ce faisant, elle s'attire les foudres de Zeratul qui lui reproche ses ingérences dans les affaires Protoss et la chasse immédiatement de Shakuras.
Zeratul met le Khalis en place dans le Temple Xel'Naga
Mais les révélations d'Aldaris peu avant sa mort ont semé le doute dans l'esprit de Zeratul. Il sent de la noirceur dans les pensées de Raszagal et la questionne à ce sujet. Celle-ci élude en invoquant son grand âge et le Prélat n'insiste pas. Leur mission tend en effet à sa fin : il faut amener les Cristaux Uraj et Khalis au Temple Xel'Naga. Tandis qu'Artanis et Zeratul se chargent de canaliser les énergies, des nuées Zergs s'abattent sur l'armée Protoss. L'activation des énergies du Temple produit un rayonnement sur l'ensemble de la planète Shakuras : l'invasion Zerg est enfin éradiquée.
