Étant donnée la complexité du module de commande, il est nécessaire de détailler son fonctionnement.
Le module de commande est divisé en deux parties distinctes : le module lui-même et le LEM. Pendant que le module sera en orbite autour de la Lune, le LEM alunira afin que les Kerbonautes puissent poser le pied sur le sol lunaire. Ce lander pèse 16,37t avec les réservoirs pleins. Pour alunir, il doit utiliser moins de la moitié de ses réserves de propergol. Les trains d’atterrissage vous permet de vous poser en douceur sur le sol lunaire. Lors du redécollage, la plate-forme sur laquelle sont attachés les trains d'atterrissage se détache du LEM. Plus léger, il peut donc rejoindre plus facilement le module de commande.
Puisqu'il s'agit d'une expédition scientifique, du matériel doit être emmené. Pour des raisons de design, il n'est nécessaire de prendre que le gravimètre, l’accéléromètre et le thermomètre. La Lune ne possédant pas d'atmosphère, il n'est pas utile de prendre un baromètre. Ses 120 litres de RCS lui permettent de pouvoir se docker plus facilement avec le module en orbite.
Le module de commande est essentiellement un gros réservoir. Il permet de faire la liaison Kerbin-Mün. La capsule se détache pour l'entrée dans l'atmosphère et les parachutes assurent un atterrissage en douceur. Voir en image.
La capsule peut contenir 3 Kerbals alors que le LEM ne peut en contenir que 2, ce qui est conforme à la mission Apollo 11.
Concernant le moteur du LEM, celui-ci délivre 50kN de poussée, ce qui permet de le poser en décélérant à partir de 25km d'altitude environ.
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