Un voyage éphémère
Durant la guérison de Sora, Roxas, toujours membre de l'Organisation XIII, se réveilla et apprit la mort de plusieurs membres, en l'occurrence, tous ceux qui avaient été envoyés au Manoir Oblivion à l'exception d'Axel. Ce dernier, Xion et Roxas, passèrent énormément de temps tous les trois. Pendant la reconstruction des souvenirs de Sora, Roxas, étant son simili, reçut également petit à petit ces mêmes souvenirs, ce qui le fit douter des réelles intentions de l'Organisation.
De son côté, Xion fut envoyée en mission pour vaincre une personne se faisant passer pour un membre à part entière de l'Organisation de Xehanort. C'était en fait Riku, vêtu du manteau noir que DiZ lui avait donné à la sortie du Manoir Oblivion. Xion se fit battre et Riku la fit douter de la légitimité de sa Keyblade et même de sa propre existence. Le jeune homme ayant semé la confusion dans l'esprit de Xion, cette dernière décida d'enquêter sur ses origines et découvrit que, contrairement à tous les autres membres, elle n'était pas un simili mais un être artificiel créé sur ordre de Xemnas pour copier les facultés de Roxas et obtenir les pouvoirs complets de la Keyblade.
Il s'avérait que Xion perturbait la reconstruction des souvenirs de Sora. Plus la jeune fille se rapprochait de Roxas, plus elle se perdait dans son identité, et pendant que Naminé travaillait au réveil du manieur de la Keyblade, son physique commençait à changer et elle commençait à lui ressembler. Kairi constituant le souvenir le plus important de Sora, le visage originel de Xion était la copie conforme de celui de Kairi.
Après avoir fui l'Organisation, Xion se rendit sur l'Île du Destin où elle rencontra Riku qui lui expliqua qu'à cause de son existence, Sora ne pourrait se réveiller. Elle alla plus tard à la rencontre de Naminé, suivant les instructions du meilleur ami de Sora. Tout ce que Riku lui avait raconté était vrai, mais elle apprit également qu'après son sacrifice, plus personne n'aurait de souvenir d'elle. Malheureusement, à la sortie du Manoir dans lequel elle se trouvait, elle tomba sur Axel qui avait pour ordre de la ramener au sein de l'Organisation. Bien que le combat fut éprouvant, Xion fut ramené à Xemnas qui la reprogramma afin d'absorber Roxas pour devenir complète et empêcher le réveil du manieur de la Keyblade.
Suite à cette reprogrammation, Xion partit à la rencontre de Roxas à la Vill pour l'affronter et devenir complète. Mais son but était tout autre, elle souhaitait que son ami mette fin à ses jours conformément aux instructions de Riku et Naminé. Avant de disparaître dans les bras de Roxas, elle lui fit promettre de libérer Kingdom Hearts, laissa seulement un coquillage qu'elle avait ramassé sur les Îles du Destin et tous les souvenirs qu'elle avait accumulés retournèrent à leur propriétaire.
Souhaitant tenir la promesse faite à son amie, Roxas, perdant les souvenirs qu'il avait de Xion, retourna à Illusiopolis, le QG de l'Organisation, afin de libérer Kingdom Hearts. Il tomba sur Riku, envoyé par DiZ pour le ramener auprès de Sora, qu'il affronta et surpassa. Après ce combat, Riku retira son bandeau lui couvrant les yeux et fit appel aux Ténèbres pour vaincre Roxas. Malheureusement, à cause de cela, Riku prit l'apparence de Xehanort , conséquence de sa possession par ce dernier dans le passé. Suite à ce combat, Roxas, encore inconscient, fut apporté à DiZ par Riku qui le numérisa pour le placer dans la Cité du Crépuscule virtuelle.
